Nació en Madrid el día 31 de octubre de 1852, mientras su padre José Villanueva Montoya estaba estudiando jurisprudencia en esta ciudad. Hizo los estudios de bachillerato en el Instituto de Logroño -en sus 'fondos' está la Partida de Bautismo (AHPR)- y la carrera de Derecho en la Universidad Central de Madrid, donde se doctoró.

El traslado de su padre como Magistrado a la Audiencia de La Habana le lleva a la Isla de Cuba donde consiguió la Cátedra de Derecho Político de la Universidad de esta ciudad. Aquí se inició en la política ingresando en el Partido de la Unión Constitucional -"partido español"- en 1878 al defender la unión de la isla con la metrópoli.

De manera ininterrumpida fue Diputado a Cortes o Senador desde 1881 hasta su muerte.

Por La Habana fue electo en 1881, 1884 y 1886.
Por el Distrito de Santa Clara (Cuba) lo fue en 1891, 1893, 1896 y 1898.
Desde 1901 fue Diputado del Distrito riojano de Santo Domingo de la Calzada de manera ininterrumpida hasta 1923.

También resultó elegido en las Cortes Constituyentes de la IIª República por las minorías como Republicano liberal demócrata.

Su carrera en la administración del Estado es muy completa. Se inicia como Subsecretario de la Presidencia en 1886 con Sagasta, es Ministro interino de Gobernación en 1901, y Ministro de Agricultura, Industria, Comercio y Obras Públicas en 1901 con Sagasta, de Hacienda en 1906, Ministro de Fomento en 1912, Ministro de Estado e interino de Hacienda en 1915, y Ministro de Hacienda en el último gobierno de 1923 antes de la Dictadura de Primo de Rivera.

Desempeñó otros cargos políticos, como: Consejero de Estado en 1909, Presidente del Congreso de los Diputados en 1913 y 1916-1917, y Alto Comisario civil de Marruecos en enero de 1923.

Muere en Madrid, siendo Diputado a Cortes por la provincia de Logroño, en 1931.